宏基因组测序

服务介绍 Service Introduction

宏基因组测序，是对特定环境样品中的微生物群落基因组进行高通量测序，以分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，探求微生物与环境、微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。基于高通量测序的宏基因组学研究具有以下优势：

1）很多自然界中的微生物并不能在实验室条件下进行培养，因此，无需进行分离培养而扩展了微生物的研究范围；

2）该方法对环境中微生物群落的多样性、功能基因等宏观特征进行了研究，更快更有效、准确的反应出微生物真实状态；

3）无需基因组片段在宿主菌中的富集，高通量测序能分析挖掘总体微生物中的物种种类以及功能基因，促进了宏基因组学在多种研究领域的广泛应用。

平台优势

周期短：接收客户样品后，从质检合格到生物信息分析结束一般控制在 30-45 个工作日，根据项目样品数量，完成周期有所调整。

技术人员经验丰富，可以根据合作伙伴要求提供宏基因组、多组学实验方案、解决实验问题、

技术流程 Technical Procedures

生物信息学分析 Bioinformatics Analysis

生物信息学分析
宏基因组细菌多样性测序分析内容	宏基因组学分析内容
总体数据统计分析	将 reads 与已测序微生物基因组（或参考序列）进行比对，得到物种分类信息以及每个物种上的 reads 个数统计
单个样品中微生物种类及丰度分析，序列聚类 OTU，群落结构分析	对 reads 组装，得到 contigs 序列，根据 contig 的拼接结果，进行基因预测、基因功能注释、COG 分类、GO 分类、KEGG-KO 分类及KEGG-map 代谢图
多个样品间比较分析，包括相似度比对，OTU 比较、多样品群落结构分析，PCA（主成分）分析

样品要求 Sample Requirements

实验类型	样品总量	样品浓度	样品纯度OD260/280	DNA质量	样品保存	样品运输
环境细菌多样性	1ug DNA	>50 ng/μl	1.8-2.0,无蛋白质、RNA 或肉眼可见杂质污染	基因组完整、无降解，电泳结果基因组 DNA 主带在预期位置，清晰，无弥散，cDNA 片段化样品，片段大小符合预期位置	请选择干粉、酒精、TE buffer 或超纯水一种，并在样品信息单中注明	请将样品置于 1.5 ml 管中，做好标记，并用封口膜好，并同《测序样品订单》一起放在塑料样品袋封口，基因组 DNA 如果用乙醇沉淀，可以常温运输。
宏基因组	3ug DNA	>30 ng/μl	1.8-2.0,无蛋白质、RNA 或肉眼可见杂质污染	基因组完整、无降解，电泳结果基因组 DNA 主带在预期位置，清晰，无弥散，cDNA 片段化样品，片段大小符合预期位置	请选择干粉、酒精、TE buffer 或超纯水一种，并在样品信息单中注明