微生物基因组denovo测序 - 高通量测序服务 - 科研服务 - 广州艾基生物技术有限公司

服务介绍 Service Introduction

近年来，病原微生物的基因组研究取得了飞速的发展。所谓基因组研究是指对微生物的全基因进行核苷酸测序，在了解全基因结构基础上，研究各个基因单独或数个基因间相互作用的功能。通过基因组研究，从根本上揭示了微生物的全部基因，不仅可发现新的基因间相互作用，新的调控因子等，这一研究将使人类从更高层次上掌握病原微生物的致病机制及其规律。从而得以发展新的诊断、预防及治疗微生物感染的制剂、疫苗及药品。

根据研究目的不同，微生物基因组测序主要分为四种类型：微生物基因组调查、微生物基因组框架图、精细图和完成图。我公司利用 illumina 平台进行细菌基因组测序，采用短片段高覆盖度测序，结合 illumina 末端配对测序，为不同测序研究提供个性化方案。

组装评估标准 Assembly Evaluation Standard

服务种类	完成标准
微生物基因组调查	测序深度达到50X
微生物基因组框架图	基因组覆盖度大于95%，基因区覆盖度大于98%
微生物基因组精细图	基因组覆盖度大于98%，基因区覆盖度大于99%

技术流程 Technical Procedures

生物信息学分析 Bioinformatics Analysis

生物信息学分析
基因组调查信息分析	基因组精细图信息分析	基因组框架图信息分析	基因组完成图信息分析
原始数据统计	原始数据统计	原始数据统计	原始数据统计
序列的初步组装	序列组装	序列组装	序列组装
基因组大小的预测	ORF 预测和基本功能注释	ORF 预测和基本功能注释	ORF 预测和基本功能注释
GC 含量和重复序列的预测	完成图绘制的建议	精细图绘制的建议	比较基因组学和功能基因组学的分析

样品要求 Sample Requirements

实验类型	RNA样品总量	样品浓度和纯度	样品保存	样品选择
微生物基因组denovo测序	小片段文库样品制备需要总量 3 μg 的样品，mate-pair 文库（2 kb、5 kb、10 kb）样品制备需要 10-50 μg 的样	样品浓度 >100 ng/μl，OD260/280 介于 1.8-2.0 之间，无肉眼可见污染	请选择干粉、酒精、TE 或超纯水的保存方式之一。	对于细菌和真菌样品，希望尽量来自于同一个菌株，不要有宿主 DNA 污染