表观遗传学相关 DNA 测序 - 高通量测序服务 - 科研服务 - 广州艾基生物技术有限公司

服务介绍 Service Introduction

DNA 甲基化是表观遗传学（Epigenetics）的重要组成部分，在维持正常细胞功能、遗传印记、胚胎发育以及人类肿瘤发生中起着重要的作用。Bisulfite 处理能够将基因组中未甲基化的胞嘧啶与甲基化的胞嘧啶区分开来，因此成为表观遗传学研究的经典实验方法。 Bisulfite 处理与高通量测序技术相结合的测序方法—Bisulfite Sequencing 能够绘制单碱基分辨率的 DNA 甲基化图谱。特定物种的高精确度甲基化修饰模式的分析，为广泛应用于细胞分化、组织发育等基础机制研究，以及动植物育种、人类健康与疾病研究奠定基础。

随着分子生物学的快速发展，研究表观遗传学的技术也在不断产生，主要有以下四种：全基因组甲基化测序（Bisulfite 测序）、简化基因组甲基化测序（RRBS 测序）、免疫共沉降测序（ChIP-seq）、甲基化抗体沉降测序（MeIDP-seq）。上述四种方法都是研究 DNA 甲基化的常用方法，其不同点在于对前期 DNA 的处理方式不同，以全基因组甲基化测序为例，其采用亚硫酸氢盐处理基因组 DNA 使未甲基化修饰的胞嘧啶 C 碱基转化成尿嘧啶 U，通过对处理后的 DNA 进行全基因组重测序，从而对整个染色体、基因的不同功能区域以及基因组中重复元件的甲基化进行分析，从基因水平实现单碱基的甲基化水平分析。从基因组水平实现单碱基的甲基化水平分析。虽然该方法全面详细的分析了甲基化水平，但测序成本相对昂贵，因此产生了简化甲基化测序，该方法主要是采用甲基化不敏感的 II 型限制性内切酶进行完全酶切，然后富集特定大小的基因组片段，利用高通量测序平台进行测序分析。

技术流程 Technical Procedures

样品要求及实验周期

表观遗传学相关DNA测序样品要求及周期
实验类型	样品总量	样品浓度	样品纯度OD260/280	样品保存	实验周期
全基因甲基化测序	3 μg 的基因组 DNA	基因组 DNA 样品浓度 >100 ng/μl，富集后 DNA 样品浓度 >5 ng/μl，	OD260/280 介于 1.8-2.0 之间，无肉眼可见污染；	请选择乙醇、纯水进行保存	40-60个工作日
简化基因组甲基化测序	≥4 μg DNA				40-60个工作日
免疫共沉降测序	30 ng 的抗体富集后的 DNA 片段样品				40-50个工作日
甲基化抗体沉降测序	30 ng 的抗体富集后的 DNA 片段样品				40-45个工作日

生物信息学分析Bioinformatics Analysis

生物信息学分析
全基因组甲基化测序分析内容	简化基因组甲基化测序分析内容	ChIP-seq 测序分析内容	MeIDP-seq 测序分析内容
数据产出总量、C 的测序深度统计、基因组覆盖度统计	数据产出统计及基本的数据质控处理	数据产出统计及基本的数据质控处理	原始数据产出统计及基本的数据质控处理
与目的物种基因组进行比对	测序数据与目的物种基因组进行比对	通过参考基因组比对确定 Peak 的位置信息	与基因组比对（需要客户提供参考基因组信息）
鉴定 C 碱基的甲基化状态及在基因组上的分布	胞嘧啶 C 的测序深度统计	Peak 的数量及长度，以及富集度统计	基因组上检测到的甲基化区域统计
统计各染色体所有 5mC 的数量、位置及甲基化水平	Promoter 和 CpG 岛上覆盖度及甲基化分析	基因组上不用功能区域 Peak 分布统计	每个样品检测到的甲基化区域的分布情况（在重复区域、基因区、基因间区的分布）
统计各同基因功能区域内 5mC 中 CpG、CHG、CHH 所占的比例及甲基化水平	鉴定胞嘧啶 C 碱基的甲基化状态及在基因组上的分布	多个样品间 Peak 及相关基因的差异分析	提供与样本甲基化区域相关的基因列表
CpG、CHG、CHH 中 5mC 附近的 6 bp 序列的特征分析		Peak 相关基因 GO 显著性富集分析	两个样本间甲基化区域相关差异统计
多样品间的差异性甲基化区域（DMR）预测		2 个以上样本差异分析